異動辞令は音楽隊！

อาร์เซน ลูแปงที่สาม(โอกิริ ชุน), จิเกน ไดสึเกะ(เท็ตสึจิ ทามายามะ), อิชิคาวะ โกเอมอน(โก อายาโนะ), มิเนะ ฟูจิโกะ(เมอิสะ คุโรกิ) และ สารวัตรโคอิจิ เซนิงาตะ(ทาดาโนบุ อาซาโนะ) มาพบกัน พวกเขาได้พบกับศัตรูที่แข็งแกร่งและฟอร์มทีมขึ้นมา และพบกับการท้าทายในการขโมย หัวใจคริมสันของราชินีคลีโอพัตรา(Crimson Heart of Cleopatra)ที่ถูกเก็บอย่างดีภายในป้อมปราการที่เสมือนห้องเซฟ ซึ่งมีความเชื่อว่าสมบัตินี้จะมีความสามารถในการครอบครองโลกได้

เมื่อชิบูย่า กรุงโตเกียว ที่กำลังคึกคักในช่วงเทศกาลฮาโลวีน งานแต่งงานที่กำลังจะจัดขึ้นที่ ชิบุยะ ฮิคาริเอะ โดยที่มิวาโกะ ซาโต้ ที่อยู่ในชุดแต่งงาน ขณะที่โคนันและแขกรับเชิญคนอื่น ๆ จู่ ๆ ผู้ก่อการร้ายกลุ่มหนึ่งก็บุกเข้ามา และวาตารุ ทาคางิ ซึ่งพยายามปกป้องซาโต้ เจ้าสาวของเขา จนได้รับบาดเจ็บจากเหตุการณ์นี้ !!! และทุกอย่างดันเชื่อมโยงไปกับมือวางระเบิดที่ได้หลบหนีออกจากเรือนจำ นี่เป็นเรื่องบังเอิญจริง ๆ เหรอ?

ชายวัยกลางคนสามคนฝึกฝนทักษะศิลปะการต่อสู้เพื่อล้างแค้นให้กับเจ้านายที่ล้มลง

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

It’s a high-stakes mystery on the high seas! Enjoying a free prize cruise on a military ship, Conan and his friends find their relaxation interrupted by the threat of possible explosives on board! It’s a race against time to find the culprit and save the ship — and potentially the whole country!

Set in the year 2000, when the level of Labor accidents begin to escalate around Tokyo Bay, police detectives Kusumi and Hata are assigned to investigate. What they discover leads to a series of government cover-ups, conspiracy concerning a new biological weapon entitled WXIII-Wasted Thirteen and a tragic, personal connection to Hata. The only hope to stop this threat is to cooperate with the military and lead WXIII into a showdown with the Labors of Special Vehicle Division 2.

ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

Conan Edogawa sets out to apprehend Lupin the Third, the suspect of stealing a jewel called Cherry Sapphire.

ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าจึงถูกลอบยิง แต่เซระก็กระโดดไปรับกระสุนแทนจนได้รับบาดเจ็บ ถือว่าดีที่ เซระ ไม่เสียชีวิต

เหตุการณ์ในตอนนี้เริ่มขึ้นที่คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่จ้องเล่นงานเฉพาะนักดนตรี และเหยื่อเคราะห์ร้ายในคดีนี้ก็ล้วนแต่เคยเรียนในสถาบันดนตรีของอดีตนักเปียโนชื่อดังคนหนึ่งทั้งนั้น ระหว่างนั้นพวกโคนันได้รับเชิญไปในงานคอนเสิร์ตเปิดมิวสิคฮอลล์ ซึ่งสร้างขึ้นโดยนักเปียโนคนนั้น จุดเด่นของงานคอนเสิร์ตครั้งนี้ก็คือ "ไปป์ออร์แกน" ที่มีประวัติอันยาวนาน, ไวโอลิน "สตราดิวาเรียส" ที่มีชื่อเสียงระดับโลก และเสียงของนักร้องโอเปราผู้มีพรสวรรค์ แต่เบื้องหลังงานคอนเสิร์ตนี้ดูมีเรื่องเคลือบแคลงน่าสงสัยหลายอย่าง เมื่อถึงวันงานจู่ๆก็เกิดเหตุระเบิดขึ้นอย่างไม่คาดฝัน มุมหนึ่งของมิวสิกฮอลล์กลายเป็นทะเลเพลิงไปในพริบตา นักร้องนำอากิบะ เรย์โกะถูกปองร้าย และนำไปสู่อันตรายที่เกิดขึ้นกับโคนัน