ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ 17: ฝ่าวิกฤติเรือรบมรณะ

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าจึงถูกลอบยิง แต่เซระก็กระโดดไปรับกระสุนแทนจนได้รับบาดเจ็บ ถือว่าดีที่ เซระ ไม่เสียชีวิต

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

เกิดเหตุการณ์วางระเบิด ณ สนามฟุตบอลในการแข่งขันระหว่างทีมโตเกียวสปิริตส์และบิ๊กโอซาก้า ขณะเดียวกับที่สำนักงานนักสืบโมริได้รับโทรศัพท์ขู่วางระเบิดและ รหัสลับ โคนันจะต้องใช้รหัสปริศนาเหล่านั้นเพื่อไขคดีและหยุดยั้ง ระเบิดให้ได้

สารวัตรยามาโตะ คันซึเกะ แห่งกรมตำรวจจังหวัดนากาโนะ ได้รับบาดเจ็บที่ตาซ้ายจากกระสุนไรเฟิลของชายปริศนาระหว่างการไล่ล่าบนภูเขาหิมะ ทำให้เขาสูญเสียการมองเห็นที่ตาข้างนั้นไป สิบเดือนต่อมา ขณะสอบสวนเหตุการณ์ใหม่ อุเอฮาระ ยูอิ ได้พบกับยามาโตะซึ่งยังมีชีวิตอยู่ และด้วยเหตุผลบางอย่าง ยามาโตะก็รู้สึกปวดตาซ้ายอย่างรุนแรง ขณะเดียวกัน โมริ โคโกโร่ ได้รับโทรศัพท์จากอดีตเพื่อนร่วมงานเกี่ยวกับคดีหิมะถล่มที่ยามาโตะเคยเกี่ยวข้อง ทั้งโคโกโร่ และโคนัน จึงไปยังสถานที่นัดหมาย ทันใดนั้นเองเสียงปืนปริศนาก็เกิดดังขึ้น! เรื่องราวปริศนาที่เกิดขึ้นบนภูเขาหิมะในจังหวัดนากาโนะกำลังจะเริ่มต้นขึ้นแล้ว!

เหตุการณ์ในตอนนี้เริ่มขึ้นที่คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่จ้องเล่นงานเฉพาะนักดนตรี และเหยื่อเคราะห์ร้ายในคดีนี้ก็ล้วนแต่เคยเรียนในสถาบันดนตรีของอดีตนักเปียโนชื่อดังคนหนึ่งทั้งนั้น ระหว่างนั้นพวกโคนันได้รับเชิญไปในงานคอนเสิร์ตเปิดมิวสิคฮอลล์ ซึ่งสร้างขึ้นโดยนักเปียโนคนนั้น จุดเด่นของงานคอนเสิร์ตครั้งนี้ก็คือ "ไปป์ออร์แกน" ที่มีประวัติอันยาวนาน, ไวโอลิน "สตราดิวาเรียส" ที่มีชื่อเสียงระดับโลก และเสียงของนักร้องโอเปราผู้มีพรสวรรค์ แต่เบื้องหลังงานคอนเสิร์ตนี้ดูมีเรื่องเคลือบแคลงน่าสงสัยหลายอย่าง เมื่อถึงวันงานจู่ๆก็เกิดเหตุระเบิดขึ้นอย่างไม่คาดฝัน มุมหนึ่งของมิวสิกฮอลล์กลายเป็นทะเลเพลิงไปในพริบตา นักร้องนำอากิบะ เรย์โกะถูกปองร้าย และนำไปสู่อันตรายที่เกิดขึ้นกับโคนัน

โมริ โคโกโร่และพวกโคนันต้องเดินทางไปยังโอซาก้าเพื่อปกป้อง ‘อิมพีเรียล อีสเตอร์’ สมบัติล้ำค่าของกษัตริย์รัสเซียที่กำลังจะถูกขโมยโดยจอมโจรคิด ทว่าของล้ำค่านั้นกลับค่อยๆ เผยความลับที่น่าอัศจรรย์ขึ้น นำไปสู่การผจญภัยสุดตื่นเต้นและการต่อสู่สุดเร้าใจ

Inspector Kei Mikhail Ignatov finds himself involved with an organization named Bifrost with the possibility of freeing his wife if he betrays Unit One. Koichi Azusawa coordinates an assault on the Public Safety Bureau tower using his hacker Obata, locking down the building and kidnapping Inspector Arata Shindo. Azusawa demands that governor Karina Komiya resign from her position.

Set in the year 2000, when the level of Labor accidents begin to escalate around Tokyo Bay, police detectives Kusumi and Hata are assigned to investigate. What they discover leads to a series of government cover-ups, conspiracy concerning a new biological weapon entitled WXIII-Wasted Thirteen and a tragic, personal connection to Hata. The only hope to stop this threat is to cooperate with the military and lead WXIII into a showdown with the Labors of Special Vehicle Division 2.

Conan Edogawa sets out to apprehend Lupin the Third, the suspect of stealing a jewel called Cherry Sapphire.