戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー スクランブルシティ発動編

สหพันธ์โลกเตรียมบุกไปถล่มนครรัฐซีออนถึงถิ่น ส่วนนักบินผู้เจนศึกอย่างอามุโร่ เรย์ได้เดินทางกลับขึ้นไปในอวกาศเพื่อร่วมสมรภูมิสุดท้าย

ยานรบไวท์เบสแห่งสหพันธ์โลกและนักบินกันดั้ม อามุโร่ เรย์เจอศึกหนักเมื่อต้องหาทางข้ามแดนศัตรูโดยมีนักรบซีออนตามไล่ล่า

It is A.D. 2009 and the human race is caught in a war between giant humanoids, male Zentrans and female Meltrans. Returning from the edge of our solar system after making a space fold, the SDF-1 Macross makes the long journey back to Earth with survivors of South Ataria Island.

สงครามระหว่างยูโรบริทันเนียและสหภาพยุโรปยังคงดำเนินต่อไป คำสั่งใหม่ถูกมอบให้กับหน่วย W-0 ให้ลงจอดในดินแดนของศัตรูเพื่อเบี่ยงเบนความสนใจ นักบินของหน่วย W-0 ประกอบด้วยผู้บังคับบัญชา เลอิล่า ชาวญี่ปุ่นคนเดียวที่รอดชีวิตจากการต่อสู้ครั้งสุดท้าย อากิโตะ และสามคนที่หลบหนีจากเกตโตทั้งสิบเอ็ดและอาศัยอยู่ในโลกใต้ดิน เรียว ยูกิยะ และอายาโนะ ทุกคนต่างคาดหวังในภารกิจของตน ปฏิบัติการจึงดำเนินต่อไป ในอีกด้านหนึ่งของยูโรบริทันเนีย ชิน ผู้ทำให้ผู้มีพระคุณของเขาฆ่าตัวตายด้วยพลังลึกลับของ "กีอัส" ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้นำของอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิล ขณะที่ชินค่อยๆ ก้าวหน้าเพื่อความทะเยอทะยานของตัวเอง เขาและผู้ใต้บังคับบัญชาในหน่วยอาชูระก็ได้รับคำสั่งให้ไปประจำการ คนหนึ่งอยู่เพื่อต่อสู้ และอีกคนต่อสู้เพื่อมีชีวิตอยู่

หลังจากพบหน้าศัตรูตัวจริง ซึ่งเป็นคนที่เกี่ยวข้องกับอากิโตะและเป็นผู้รับผิดชอบต่อการสังหารกิอัสที่สั่งสมมา W-0 จึงพยายามเดินทางกลับฐานที่ปราสาทไวส์วูล์ฟ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากต้องติดอยู่ที่วอร์ซอเนื่องจากปัญหาเรื่องการระบุตัวตนทางทหาร พวกเขาจึงถูกบังคับให้ยอมรับความช่วยเหลือจากยิปซีในท้องถิ่น ทำให้ทีมมีเวลาสร้างสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นขึ้น ระหว่างนั้น จูเลียส คิงส์ลีย์ ที่ปรึกษาชาวอังกฤษและซูซาคุ คุรุรุกิ ผู้คุ้มกันของเขาเริ่มทำงานร่วมกับอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิลเพื่อปราบกองกำลังต่อต้านของยุโรปให้สิ้นซาก โดยใช้อาวุธขนาดยักษ์ที่เรียกว่ากองเรืออาร์คเป็นอาวุธทำลายล้าง

สิบห้าปีหลังจากการพุ่งชนครั้งที่สอง ชินจิ เด็กวัยรุ่นที่เซื่องซึมเข้าร่วมกับกลุ่มเนิร์ฟของพ่อเพื่อต่อสู้กับพวกเทวทูต แต่ความจริงอาจทำลายทุกคน

ในขณะที่ W-0 ไม่อยู่ เลอิลาและลูกเรือที่เหลือในฐานพบว่าพวกเขาถูกล้อมรอบโดยอัศวินร้ายแห่งบริตตัน ชิน ฮิวงะซึ่งขับยานเวอร์ซิงเจทอริกซ์ เป็นผู้นำการโจมตีของศัตรู โดยชิงตำแหน่งแกรนด์มาสเตอร์ของอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิลมาครอง เมื่อสมาชิกหลักของเธอไม่พร้อม เลอิลาจึงต้องปกป้องเพื่อนร่วมทีมของเธอ แต่เรื่องนี้อาจจะยากกว่าที่เธอคิดมาก เพราะสายลับที่แอบซ่อนอยู่ท่ามกลางพวกเขาในที่สุดก็พร้อมที่จะเปิดเผยตัวตนแล้ว เมื่อไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากต้องยอมจำนน เลอิลาจึงนัดพบกับชินเพื่อให้แน่ใจว่าทีมของเธอจะปลอดภัย แต่เมื่อการเจรจาเริ่มล้มเหลว อากิโตะและพันธมิตรที่ไม่คาดคิดก็กลับมาในเวลาที่เหมาะสมเพื่อพลิกสถานการณ์

เมื่อโลกพังทลายลง มนุษยชาติไม่มีรูปร่างอีกต่อไปและดำรงอยู่ในสังคมเสมือนจริงที่เรียกว่า "DEVA" เมื่อแฮกเกอร์แทรกซึมเข้าไปในจักรวาลไซเบอร์ เจ้าหน้าที่ตำรวจแองเจลา บัลซัคจึงถูกส่งไปที่พื้นผิวเพื่อติดตามตัวเขา

กองเรืออาร์คถูกทำลาย และกองกำลังของศัตรูจำนวนมากถูกกวาดล้างเนื่องจากการลงจอดฉุกเฉิน ในขณะที่กองกำลังที่เหลือของ Holy Order of Michael รวบรวมกำลังกันใหม่เพื่อเริ่มการโจมตีครั้งสุดท้ายที่ปราสาท Weiswolf หน่วย wZERO พร้อมด้วยพันธมิตรใหม่ Ashley Ashra เตรียมพร้อมที่จะสกัดกั้นพวกเขา ในขณะเดียวกัน เมื่อ Geass ของเขาหลุดจากการควบคุม Shin ก็เริ่มดำเนินการลบการมีอยู่ของน้องชายของเขาให้สิ้นซาก แต่ Akito ซึ่งสัญญากับ Leila ว่าเขาจะกลับมามีชีวิตอีกครั้ง ปฏิเสธที่จะยอมรับชะตากรรมดังกล่าว และทั้งสองก็ปะทะกันในการต่อสู้ครั้งสุดท้าย

ศตวรรษแห่งจักรวาล 0068, ด้านที่ 3 - สาธารณรัฐปกครองตนเองมุนโซ ซีออน ซุม เดอิคุน พยายามประกาศอิสรภาพอย่างสมบูรณ์ของมุนโซจากรัฐบาลสหพันธ์โลก ในขณะที่เขาเทศนาเกี่ยวกับศักยภาพในการวิวัฒนาการของมนุษย์ที่ก้าวไปสู่อวกาศภายนอก อย่างไรก็ตาม เดอิคุนก็ตกลงมาเสียชีวิตอย่างกะทันหันระหว่างที่เขากำลังกล่าวสุนทรพจน์ที่รัฐสภา เมื่อเดอิคุนเสียชีวิต จิมบา ราลก็เผยแพร่ข่าวการสมคบคิดของตระกูลซาบิ แต่แม้จะมีความพยายามดังกล่าว อำนาจและขอบเขตอิทธิพลของตระกูลซาบิ ซึ่งนำโดยเดกวิน โซโด ซาบิ ก็ดูเหมือนจะทวีความรุนแรงขึ้นเท่านั้น ในขณะที่เราได้เห็นความปั่นป่วนที่ไม่เคยเล่ามาก่อนในประวัติศาสตร์ของศตวรรษแห่งจักรวาลเป็นครั้งแรก แคสวัลและอาร์เทเซีย ซึ่งเพิ่งสูญเสียพ่อไป ต้องเผชิญกับชะตากรรมที่วุ่นวายเช่นเดียวกับยุคนั้นเอง