โมบิลสูท กันดั้ม II โซลเยอร์ส ออฟ ซอร์โรว์

สหพันธ์โลกเตรียมบุกไปถล่มนครรัฐซีออนถึงถิ่น ส่วนนักบินผู้เจนศึกอย่างอามุโร่ เรย์ได้เดินทางกลับขึ้นไปในอวกาศเพื่อร่วมสมรภูมิสุดท้าย

เกิดหายนะรุนแรงจากเซคันด์อิมแพกต์ เทวทูตที่สี่โจมตีโตเกียวที่ 3 และชะตากรรมของมนุษยชาติตกอยู่ในมือของเนิร์ฟ องค์กรรัฐบาลพิเศษ ชินจิ อิคาริ เด็กหนุ่มวัย 14 ปีถูกบังคับให้นำอีวา-01 เขากับเรย์ อายานามิ ผู้ขับอีวา-00 ได้รับคำสั่งให้ต่อสู้ แต่อีวา-01 เสียหายหนักเมื่อเทวทูตตนที่หกปรากฏตัว มิซาโตะ คัทสึรางิวางแผนรวบรวมพลังงานไฟฟ้าทั้งหมดของญี่ปุ่นมาไว้ในปืนลำแสงโพซิทรอนเพื่อเอาชนะเทวทูต

สิบสามปีหลังสงครามปะทุ อามุโร่ เรย์ ผู้บังคับนิวกันดั้มและกองทัพสหพันธ์โลกต้องก้าวลงสู่สมรภูมิอีกครั้ง เมื่อกองทัพนีโอซีออน กลายมาเป็นภัยต่อความสงบสุข

ภายหลังจากชาร์ก่อกบฎ ฮาธาเวย์ โนอาก็ได้นำขบวนก่อจลาจลท้าทายสหพันธ์โลก แต่การได้พบกันเจ้าหน้าที่ฝ่ายศัตรูและหญิงปริศนากลับเปลี่ยนแปลงโชคชะตาของเขา

สิบห้าปีหลังจากการพุ่งชนครั้งที่สอง ชินจิ เด็กวัยรุ่นที่เซื่องซึมเข้าร่วมกับกลุ่มเนิร์ฟของพ่อเพื่อต่อสู้กับพวกเทวทูต แต่ความจริงอาจทำลายทุกคน

โมบิลสูทกันดั้มที่บังคับโดยนักบินพลเรือนอย่างอามุโร่ เรย์กลายมาเป็นความหวังเดียวของกองทัพสหพันธ์โลกที่จะต่อกรกับรัฐซีออน

เรื่องราวเกิดขึ้นหลายปีหลังจากแผน "Zero Requiem" ของลูลูช เขายอมสละชีวิตเพื่อช่วยโลกและปกป้องคนที่เขารัก วันที่ลูลูช วี บริททันเนียล่มสลายเป็นวันที่โลกที่แตกสลายไปด้วยสงครามแห่งนี้พบกับความสงบสุข ขณะนี้ ขณะที่เพื่อนๆ ของเขาพยายามรักษาความสงบ การโจมตีของผู้ก่อการร้ายอาจเสี่ยงทุกอย่าง นักวางแผนผู้ชาญฉลาดสามารถเอาชนะความตายและช่วยพวกเขาทั้งหมดได้หรือไม่ หรือว่ามรดกของลูลูชจะตกไปอยู่ที่นี่?

ผ่านไป 14 ปี ชินจิตื่นขึ้นมาบนเรือรบเอเอเอ วุนเดอร์ขององค์กรต่อต้านเนิร์ฟที่ก่อตั้งโดยอดีตสมาชิกของเนิร์ฟ ชินจิได้ยินเสียงของเรย์ดังมาจากอีวามาร์ค 09 ที่ถูกส่งมาช่วยเขา เขาจึงหนีออกจากวุนเดอร์และมุ่งหน้าไปยังเนิร์ฟ คาโวรุ นางิสะพาชินจิไปดูดินแดนที่กลายสภาพ เขาจึงได้รู้ว่าการช่วยชีวิตเรย์ส่งผลให้เกิดเนียร์เธิร์ดอิมแพกต์ที่ทำลายล้างโลกอย่างราบคาบ

ปี 2116 รัฐบาลญี่ปุ่นได้เริ่มส่งหุ่นโดรนที่ควบคุมด้วยระบบซิบิลออกไปยังประเทศอื่นที่ประสบปัญหา ทำให้ระบบถูกแผ่ขยายครอบคลุมไปทั่วโลก ด้วยการที่ต้องผจญกับสงครามกลางเมือง SEAUn (the South East Asia Union) หรือสหภาพเอซียตะวันออกเฉียงใต้ได้นำระบบซิบิลเข้ามาทำการทดลองใช้งาน ภายใต้ระบบการปกครองใหม่ นครชายหาดอย่างชัมบาลาโฟลตจึงกลับมาสงบสุขในชั่วเวลาหนึ่ง จนเมื่อ SEAUn ส่งผู้ก่อการร้ายลอบเข้ามายังประเทศญี่ปุ่นโดยบุกทะลวงฝ่าระบบซิบิลเข้ามาภายในแล้วจู่โจ่ม เงาของชายผู้คุ้นหน้าคุ้นตาก็ฉายปรากฎขึ้นภายใต้เหตุการณ์ดังกล่าวนี้ ในฐานะเจ้าหน้าที่ตำรวจ สึเนโมริอาคาเนะจึงได้เดินทางไปยังชัมบาลาโฟลตเพื่อทำการสืบสวน ความจริงของความยุติธรรมบนผืนแผ่นดินใหม่แห่งนี้จะถูกทำให้ประจักษ์ชัดขึ้น

โมโตโกะ คุซานางิ ทหารรับจ้างไซเบอร์เนติกส์ กลับมายังเซ็คชั่น 9 ในปี 2045 เพื่อต่อกรกับภัยคุกคามอุบัติใหม่ที่มาในคราบของพวกเหนือมนุษย์