until You come to me.

เรื่องราวของหญิงแกร่งน่ารักและหุ่นยนต์เดินทางมาถึงบ้านที่ไม่มีใครดูแลโพสต์ WW3 Times Sq พวกเขาออกจากซากปรักหักพังของ NYC พร้อมกับ 2 ในภารกิจลับ

เรื่องราวในในสังคมยูโทเปียที่สร้างขึ้นเมื่อสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สามนักรบหญิงที่ถูกถอนออกจากพื้นที่เลวร้ายเริ่มเห็นรอยแตกในอาคารใหม่นี้ และชุมชนนี้ได้วางแผนอะไรไว้สำหรับมนุษยชาติที่เหลือ?

สิบห้าปีหลังจากการพุ่งชนครั้งที่สอง ชินจิ เด็กวัยรุ่นที่เซื่องซึมเข้าร่วมกับกลุ่มเนิร์ฟของพ่อเพื่อต่อสู้กับพวกเทวทูต แต่ความจริงอาจทำลายทุกคน

เรื่องราวของนางามิเนะ มิคาโกะ และ เทราโอะ โนโมรุ เป็นนักเรียน ม.ต้นปี 3 ที่โรงเรียนและอยู่ชมรมเดียวกัน ทั้งสองเป็นเพื่อนที่สนิทกัน ทว่าวันหนึ่งมิคาโกะก็ได้บอกกับโนโบรุว่าเธอต้องไปเข้าร่วมกองทัพอวกาศของ UN เพื่อไปตามล่ามนุษย์ต่างดาวที่โจมตีดาวอังคาร และฤดูหนาวปี 2047 มิคาโกะก็ได้เดินทางออกจากโลก ส่วนโนโบรุก็เข้าเรียนต่อ ม. ปลาย มิคาโกะและโนโบรุที่อยู่ห่างไกลกันก็ได้ติดต่อกันโดยใช้อีเมล์ของโทรศัพท์มือ แต่ทว่ายิ่งยานลิซิลเธียออกห่างจากโลกไปเท่าใด ช่วงเวลาที่เมล์จะส่งมาถึงก็ยิ่งยาวนานขึ้นเรื่อยๆ แต่ถึงอย่างนั้นทั้งสองก็ยังคงรับส่งเมล์กันต่อไป จนกระทั่งยานลอซิลเธียต้องทำการ warp ระยะไกล นั่นจึงเป็นเหตุให้ระยะห่างของทั้งสองก็ยิ่งเพิ่มขึ้นราวเป็นนิรันดร์

เมื่อโลกพังทลายลง มนุษยชาติไม่มีรูปร่างอีกต่อไปและดำรงอยู่ในสังคมเสมือนจริงที่เรียกว่า "DEVA" เมื่อแฮกเกอร์แทรกซึมเข้าไปในจักรวาลไซเบอร์ เจ้าหน้าที่ตำรวจแองเจลา บัลซัคจึงถูกส่งไปที่พื้นผิวเพื่อติดตามตัวเขา

มิซาโตะและวิลเลอ กลุ่มต่อต้านเนิร์ฟเดินทางมาถึงปารีสที่กลายเป็นสีแดงเพราะผลจากแกนกลาง ลูกเรือกลุ่มหนึ่งของวุนเดอร์ลงจอดบนซากปรักของหอกักกัน พวกเขามีเวลาเพียง 720 วินาทีในการฟื้นฟูเมืองขึ้นใหม่ เมื่อกองทัพอีวาของเนิร์ฟปรากฏตัว อีวาหมายเลขแปดของมาริตจึงต้องออกมารับมือ ขณะเดียวกัน ชินจิ อาสึกะ และเรย์ก็ออกเดินทางไปทั่วญี่ปุ่น

เรื่องทั้งหมดเกิดขึ้นในอนาคตอันใกล้ เมื่อสิ่งประดิษฐ์ที่รู้จักกันในชื่อ เกรท แมชชีน ส่งพลังควบคุมจักรกลทั่วโลกให้บุกโจมตีมนุษยชาติ สร้างความปั่นป่วนไปทุกหย่อมหญ้า และจะหยุดทำงานก็ต่อเมื่อมนุษย์สูญสิ้น แต่ในขณะที่โลกใกล้จะพังพินาศ ภารกิจกอบกู้มรดกทางวัฒนธรรมก็เริ่มขึ้นโดยกลุ่มตุ๊กตากระสอบตัวน้อย ๆ พวกเขาได้รับพลังชีวิตจากนักวิทยาศาสตร์ในช่วงเวลาสุดท้ายของมนุษยชาติ และยังคงทำหน้าที่อย่างแข็งขันหลังจากวันโลกาวินาศผ่านไป แต่ละตัวจะมีลักษณะเฉพาะของใครของมัน เริ่มจากคุณสมบัติเหมาะสมที่จะเป็นผู้นำในตัวหมายเลข 9 (ให้เสียงโดย อีไลจาห์ วู้ด) ซึ่งช่วยให้พวกพ้องอยู่รอดปลอดภัยและก้าวต่อไปข้างหน้า…

O'Dessa เป็นโอเปร่าร็อกบอกเล่าถึงเด็กสาวที่มีภารกิจต้องกอบกู้มรดกของครอบครัว เธอต้องใช้พลังแห่งโชคชะตาและบทเพลงเพื่อปกป้องวิญญาณของรักแท้ให้ได้

มาริ อิลลัสเทรียส-มากินามินำหุ่นรบเฉพาะกาลหมายเลข 05 ออกต่อสู้พิชิตเทวทูตตนที่สาม อาสุกะ แลงลีย์-ชิกินามิและอีวา-02 เอาชนะเทวทูตตนที่เจ็ดได้สำเร็จ เทวทูตตนที่แปดปรากฏตัวและถล่มสำนักงานใหญ่เนิร์ฟ อีวา-03 ถูกเทวทูตตนที่เก้ายึดไปขณะทำการทดสอบและชินจิก็เข้าหยุดยั้ง แต่ก็ได้รู้ว่าอาสุกะอยู่บนหุ่นรบตัวนั้น เก็นโดเปลี่ยนการควบคุมอีวา-01 เป็นระบบดัมมี่และเริ่มการต่อสู้กับอีวา-03

พวกเซเลอสั่งโจมตีเนิร์ฟอย่างเต็มรูปแบบ โดยมุ่งที่จะทำลายอีวาก่อนที่เก็นโดะจะทำให้เกิดการพุ่งชนครั้งที่สาม และโครงการเครื่องมือมนุษย์จะตกอยู่ในอำนาจของเขา