不連続爆破事件

โคนัน รันและเหล่าขบวนการนักสืบเยาวชนเดินทางไปยังเมืองหุบเขาหิมะ ในวันเดียวกันนั้นได้เกิดเหตุระเบิดที่รถไฟใต้ดินซึ่งผู้ว่าโตเกียวโดยสาร อยู่ด้วย! เหตุการณ์ในครั้งนี้เกี่ยวข้องกับคดีปริศนาที่เคยเกิดขึ้นเมื่อ 8 ปีก่อนที่เมืองหิมะแห่งนี้ โคนันจะต้องไขคดีและตามหาคนร้ายให้พบ โดยที่มีเวลาในการไขปริศนาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน!

เรื่องราวที่เกิดขึ้นที่สถานีโทรทัศน์นิชิอุริมีการเกิดระเบิดขึ้นทันควัน ระหว่างการรายงานข่าวการประลองเกมไพ่กลอนประเทศญี่ปุ่น “ซัทสึกิคัพ” ด้านในตึกที่เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดสายลับทิศตะวันออก รวมทั้ง โทยามะ ค้างสึฮะ เพื่อนฝูงยุคเด็กของเขาก็อยู่ในสถานที่ที่นี้ด้วย แม้กระนั้นได้ โคนัน เข้าไปช่วยออกมาได้อย่างเฉียดฉิว ดูราวกับว่าคดีนี้จะเป็นฝีมือของผู้ก่อให้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรง แต่ทว่าก็ยังไม่มีผู้ใดทราบถึงแรงบันดาลใจของผู้ร้าย เวลาเดียวกันโคนันรวมทั้งเฮย์จิต่างก็รู้สึกแปลกๆถึงคำแถลงข่าวสารคดีระเบิดที่ฟังมองไร้เหตุผล ช่วงเวลาเดียวกันพวกโคนันได้เจอกับ โอโอกะ โมไม่จิ สตรีที่อ้างตัวว่าเป็นเป็นคู่หมั่นของเฮย์จิ เนื่องจากว่าคุณเป็นแชมป์การแข่งขันชิงชัยเกมไพ่กลอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย คุณก็เลยถูกเรียกว่าเป็นราชินีที่แวดวงชิงชัยเกมค้างรุตะ ในเวลาถัดมาหนึ่งในผู้ชนะเลิศซัตสึกิคัพได้ถูกฆาตเกลื่อนกลาดรรมข้างในบ้านสไตล์ประเทศญี่ปุ่นในเมืองอาราชิยามะที่จังหวัดเกียวโต และก็กล้องวงจรปิดก็ถ่ายติดโมไม่จิซึ่งอยู่ในสถานที่เกิดเหตุอีกด้วย

"กำปั้นสีน้ำเงิน" บลูแซฟไฟร์ขนาดใหญ่ที่สุดในโลกซึ่งจมอยู่ในทะเลแถบสิงคโปร์พร้อมกับเรือโจรสลัดในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ได้ถูกมหาเศรษฐีท้องถิ่นเก็บกู้ขึ้นมา และนำมาอวดโฉมต่อหน้าสาธารณชน แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นที่มารีน่าเบย์แซนด์ส โดยในที่เกิดเหตุนั้นมีสาส์นเตือนของจอมโจรคิดที่เปื้อนเลือดตกอยู่... ขณะเดียวกัน รันกับโซโนโกะก็เดินทางมาชมการแข่งขันคาราเต้ที่จัดขึ้นที่สิงคโปร์พอดี ส่วนโคนันเดินทางออกนอกประเทศไม่ได้เนื่องจากไม่มีพาสปอร์ต จึงต้องอยู่เฝ้าบ้าน แต่จอมโจรคิดต้องการใช้ประโยชน์จากโคนัน จึงใช้มายากลหลอกล่อพาตัวโคนันมายังสิงคโปร์ แถมยังจับเขาแปลงโฉมใหม่พร้อมกับยึดแว่นตา นาฬิกาข้อมือ และเสื้อผ้าไปหมดอีกด้วย หากไม่ยอมทำตามที่คิดบอก โคนันก็จะไม่สามารถกลับญี่ปุ่นได้ เมื่อถูกรันถามชื่อโดยที่ดูไม่ออกว่าคนที่เธอถามเป็นใคร โคนันจึงโมเมตอบไปว่าชื่ออาเธอร์ ฮิราอิ (!?)

แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม เปิดฉากขึ้น!