金田一少年の事件簿　オペラ座館・新たなる殺人

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม เปิดฉากขึ้น!

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

โคนัน รัน และนักสืบโคโกโร่ได้รับเชิญเข้าร่วมงานปาร์ตี้ของสถาปนิกชื่อดัง โมริยะ เทจิ ผู้คลั่งไคล้สถาปัตยกรรมแบบอังกฤษ และชื่นชอบการถอดรหัสคำ หลังจากนั้นโคนันก็ได้รับโทรศัพท์ปริศนาจากชายลึกลับที่ขู่วางระเบิดตามสถานที่ต่างๆ โดยเฉพาะขบวนการรถไฟสายโตโตะซึ่งถูกวางระเบิดถึง 5 ลูก โดยระเบิดจะทำงานเมื่อพระอาทิตย์ลับขอบฟ้า โฉมหน้าของชายลึกลับผู้นี้คือใคร ก่อวินาศกรรมด้วยวัตถุประสงค์ใด โคนันและเพื่อนจะแก้ไขวิกฤติการณ์นี้ได้อย่างไร

โมริ โคโกโร่ได้รับเชิญให้ร่วมสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่เกิดขึ้นกับผู้ เคราะห์ร้าย 6 รายตามจังหวัดต่างๆ แต่เมื่อโคโกโร่กำลังประชุมเรื่องคดี อยู่นั้น โคนันกลับเห็นนายตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถของ ‘ยิน’ หนึ่งในองค์กร- ชายชุดดำไป! งานนี้โคนันจึงต้องไขคดีที่อาจสาวไปถึงตัวเหล่าชายชุดดำ ให้จงได้

พวกโคนันมาพักร้อนกันที่เกาะ ‘โคอุมิ’ ซึ่งกล่าวกันว่ามีพระราชวังใต้ทะเล หรือตำนานแห่งขุมทรัพย์โจรสลัดซุกซ่อนอยู่ใต้มหาสมุทร พวกเขาได้พบกับ เหล่านักล่าสมบัติ แต่กลับเกิดคดีปริศนาขึ้น งานนี้โคนันจึงร่วมมือกับ ไฮบาระ ไอเพื่อสืบหาความจริงในกลุ่มนักล่า

โคนัน รันและเหล่าขบวนการนักสืบเยาวชนเดินทางไปยังเมืองหุบเขาหิมะ ในวันเดียวกันนั้นได้เกิดเหตุระเบิดที่รถไฟใต้ดินซึ่งผู้ว่าโตเกียวโดยสาร อยู่ด้วย! เหตุการณ์ในครั้งนี้เกี่ยวข้องกับคดีปริศนาที่เคยเกิดขึ้นเมื่อ 8 ปีก่อนที่เมืองหิมะแห่งนี้ โคนันจะต้องไขคดีและตามหาคนร้ายให้พบ โดยที่มีเวลาในการไขปริศนาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน!

สารวัตรยามาโตะ คันซึเกะ แห่งกรมตำรวจจังหวัดนากาโนะ ได้รับบาดเจ็บที่ตาซ้ายจากกระสุนไรเฟิลของชายปริศนาระหว่างการไล่ล่าบนภูเขาหิมะ ทำให้เขาสูญเสียการมองเห็นที่ตาข้างนั้นไป สิบเดือนต่อมา ขณะสอบสวนเหตุการณ์ใหม่ อุเอฮาระ ยูอิ ได้พบกับยามาโตะซึ่งยังมีชีวิตอยู่ และด้วยเหตุผลบางอย่าง ยามาโตะก็รู้สึกปวดตาซ้ายอย่างรุนแรง ขณะเดียวกัน โมริ โคโกโร่ ได้รับโทรศัพท์จากอดีตเพื่อนร่วมงานเกี่ยวกับคดีหิมะถล่มที่ยามาโตะเคยเกี่ยวข้อง ทั้งโคโกโร่ และโคนัน จึงไปยังสถานที่นัดหมาย ทันใดนั้นเองเสียงปืนปริศนาก็เกิดดังขึ้น! เรื่องราวปริศนาที่เกิดขึ้นบนภูเขาหิมะในจังหวัดนากาโนะกำลังจะเริ่มต้นขึ้นแล้ว!