帰ってこなかった男

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

ยางามิ ไลท์ นักเรียนอัจฉริยะได้เจอสมุดโน้ตเล่มหนึ่งในคืนฝนตก สมุดเล่มนั้นวิธีใช้เป็นภาษาอังกฤษเขียนไว้ว่า เดธโน้ต คือ บันทึกของยมฑูต "ลุค" ได้ทำตกไว้ วิธีใช้เดธโน้ตคือเขียนชื่อและนามสกุลของคนที่ต้องการฆ่า โดยผู้เขียนต้องรู้จักหน้าตาของคนๆ นั้น จะส่งผลให้คนผู้นั้นตายภายใน 40 วินาที หลังจากไลท์เก็บเดธโน้ตได้ เขาก็ใช้มันฆ่าอาชญากรทีละคนจากข้อมูลที่เขาเก็บไว้ ทุกคนเรียกเขาว่า "คิระ" จากความซับซ้อนของคดีคิระ องค์กรตำรวจลับของโลกได้ส่ง แอล มาคลี่คลายคดีเพราะเขาได้ชื่อว่าเป็นนักสืบอัจฉริยะ ที่ไม่เคยคลี่คลายคดีไม่ได้ ความมันส์แบบลุ้นระทึก การไล่ล่าแบบสืบสวนสุดเข้มข้นเริ่มขึ้นแล้ว

เมื่อ “ไลท์” ได้เข้าร่วมทีมสืบสวนคดีคิระ ร่วมกับ “แอล” ความสงสัยในตัวไลท์ก็ยิ่งทวีความรุนแรงเพิ่มมากขึ้น เมื่อเกิดการส่งสาสน์ท้าทายจากคิระ ผ่านทางสถานีโทรทัศน์ซากุระ ซึ่งแอล สังเกตเห็นว่า เหตุการณ์ฆาตกรรมที่เกิดขึ้น เป็นรูปแบบที่แตกต่างจากเดิมอย่างสิ้นเชิง ดังนั้น คิระคนนี้ ไม่ใช่คิระคนเดียวกับที่เขากำลังตามล่าอย่างแน่นอน!!! ซ้ำยังมีเหตุการณ์ฆาตกรรมลึกลับกลับผุดขึ้นอย่างรวดเร็วทำให้เกิดความสงสัยว่าอาจมีคิระถึงสามคน และการมาของคิระคนที่สาม ก็นำไปสู่การต่อสู้อันเป็นบทสรุปของผู้ครอบครองสมุด Death Note

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

โคนัน รัน และนักสืบโคโกโร่ได้รับเชิญเข้าร่วมงานปาร์ตี้ของสถาปนิกชื่อดัง โมริยะ เทจิ ผู้คลั่งไคล้สถาปัตยกรรมแบบอังกฤษ และชื่นชอบการถอดรหัสคำ หลังจากนั้นโคนันก็ได้รับโทรศัพท์ปริศนาจากชายลึกลับที่ขู่วางระเบิดตามสถานที่ต่างๆ โดยเฉพาะขบวนการรถไฟสายโตโตะซึ่งถูกวางระเบิดถึง 5 ลูก โดยระเบิดจะทำงานเมื่อพระอาทิตย์ลับขอบฟ้า โฉมหน้าของชายลึกลับผู้นี้คือใคร ก่อวินาศกรรมด้วยวัตถุประสงค์ใด โคนันและเพื่อนจะแก้ไขวิกฤติการณ์นี้ได้อย่างไร

‘เกมโคคูน’ ซึ่งมีแต่ผู้ที่ถูกเลือกเท่านั้นที่จะสามารถเล่นได้ กลับกลาย มาเป็นเกมมรณะเมื่อเกิดการฆาตกรรมขึ้นในงานเปิดตัวเกม โคนัน และผองเพื่อนจะต้องเล่นเกมสุดโหดเพื่อจับฆาตกรให้ได้ ไม่อย่างนั้น ทุกคนจะตายและไม่สามารถกลับมาในโลกความจริงได้อีก