ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน จุดเริ่มต้นของไฮบาระ ไอ : ปริศนารถด่วนทมิฬ

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

‘ซึซึกิ จิโรคิจิ’ (ลุงของโซโนโกะ) ชนะการประมูลผลงานเลื่องชื่อของ ‘แวนโก๊ะ’ เป็นภาพวาดดอกทานตะวันที่เคยมอดไหม้ไปพร้อมไฟสงครามที่ญี่ปุ่น ต่อมา ‘ซึซึกิ’ ได้ประกาศผ่านโทรทัศน์ว่ามีการจัดนิทรรศการภาพวาดโดยจะนำมาจัดแสดงภาพวาดอกทานตะวันนี้ถึง 7 ภาพ นับเป็นครั้งแรกของโลก ภายในหอศิลป์ ‘เรย์คล็อก’ ที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แล้วได้เรียกตัวผู้คุ้มกันระดับหัวกะทิที่ถูกขนานนามว่า ‘กลุ่มซามูไรทั้ง 7’ ให้มาดูแลหนึ่งในนั้นมี ‘โมริ โคโกโร่’ ด้วย ทว่าระหว่างการเตรียมงานนิทรรศการมีการขนภาพวาดดอกทานตะวันทางอากาศจากนิวยอร์กมายังญี่ปุ่น ‘จอมโจรคิด’ ได้กระทำการอุกอาจจนเกือบทำให้ผู้โดยสารถึงแก่ชีวิต มีคนพบเห็น คุโด้ ชินอิจิ ในงาน และเกิดความวุ่นวายเพิ่มขึ้นทุกขณะ แต่การแสดงภาพยังคงเดินหน้าต่อไป ปมปริศนาที่ก่อตัวขึ้นล้วนทำให้ ‘โคนัน’ กังขาถึงความจริงว่า ใครกัน!? คือผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังภาพวาดดอกทานตะวันนี้ หากโคนันไม่สามารถไขคดีได้นั่นนั่นหมายถึงประวัติศาสตร์โลกต้องถูกเปลี่ยนหน้าไปตลอดกาล

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

สึซึกิ จิโรคิจิเชิญชวนโคนัน กลุ่มนักสืบหนุ่ม และคนอื่นๆ ให้ไปเยี่ยมชมเรือเหาะเบสทรี เรือเหาะลำนี้ซึ่งใหญ่ที่สุดในโลก ตั้งอยู่เหนือเมืองโอซาก้า และทัวร์นี้ใช้เวลาประมาณแปดชั่วโมง เลดี้ออฟเดอะสกายซึ่งเป็นอัญมณีล้ำค่าก็อยู่บนเรือเหาะเช่นกันและเป็นเป้าหมายของหัวขโมยที่ฉาวโฉ่ ที่เลวร้ายยิ่งกว่านั้น กลุ่มผู้ก่อการร้ายแมวสยามแดงก็มีแผนที่จะยึดเรือเหาะลำนี้เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเอง ตัวตนของผู้กระทำผิดยังคงเป็นปริศนา และมันก็ขึ้นอยู่กับโคนันที่จะคลี่คลายคดีและเปิดเผยตัวตนของผู้กระทำความผิด ไม่ว่าจะเป็นผู้ลักพาตัวหรือแมวสยามแดง

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม เปิดฉากขึ้น!

โคนัน รัน และนักสืบโคโกโร่ได้รับเชิญเข้าร่วมงานปาร์ตี้ของสถาปนิกชื่อดัง โมริยะ เทจิ ผู้คลั่งไคล้สถาปัตยกรรมแบบอังกฤษ และชื่นชอบการถอดรหัสคำ หลังจากนั้นโคนันก็ได้รับโทรศัพท์ปริศนาจากชายลึกลับที่ขู่วางระเบิดตามสถานที่ต่างๆ โดยเฉพาะขบวนการรถไฟสายโตโตะซึ่งถูกวางระเบิดถึง 5 ลูก โดยระเบิดจะทำงานเมื่อพระอาทิตย์ลับขอบฟ้า โฉมหน้าของชายลึกลับผู้นี้คือใคร ก่อวินาศกรรมด้วยวัตถุประสงค์ใด โคนันและเพื่อนจะแก้ไขวิกฤติการณ์นี้ได้อย่างไร

พวกโคนันมาพักร้อนกันที่เกาะ ‘โคอุมิ’ ซึ่งกล่าวกันว่ามีพระราชวังใต้ทะเล หรือตำนานแห่งขุมทรัพย์โจรสลัดซุกซ่อนอยู่ใต้มหาสมุทร พวกเขาได้พบกับ เหล่านักล่าสมบัติ แต่กลับเกิดคดีปริศนาขึ้น งานนี้โคนันจึงร่วมมือกับ ไฮบาระ ไอเพื่อสืบหาความจริงในกลุ่มนักล่า