破滅のマルス

มหาเศรษฐี โทนี่ สตาร์ก ในชุดเกราะไอออนแมน ได้ขัดขวางการโจมตีจากศัตรูรายใหม่ผู้ลึกลับ แต่ก็ทำให้ผู้บริสุทธิ์ที่อยู่ในเหตุการณ์หลายคนถูกฆ ่าตาย หนึ่งในนั้นคือ

สหพันธ์โลกเตรียมบุกไปถล่มนครรัฐซีออนถึงถิ่น ส่วนนักบินผู้เจนศึกอย่างอามุโร่ เรย์ได้เดินทางกลับขึ้นไปในอวกาศเพื่อร่วมสมรภูมิสุดท้าย

สิบห้าปีหลังจากการพุ่งชนครั้งที่สอง ชินจิ เด็กวัยรุ่นที่เซื่องซึมเข้าร่วมกับกลุ่มเนิร์ฟของพ่อเพื่อต่อสู้กับพวกเทวทูต แต่ความจริงอาจทำลายทุกคน

หลังจากพบหน้าศัตรูตัวจริง ซึ่งเป็นคนที่เกี่ยวข้องกับอากิโตะและเป็นผู้รับผิดชอบต่อการสังหารกิอัสที่สั่งสมมา W-0 จึงพยายามเดินทางกลับฐานที่ปราสาทไวส์วูล์ฟ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากต้องติดอยู่ที่วอร์ซอเนื่องจากปัญหาเรื่องการระบุตัวตนทางทหาร พวกเขาจึงถูกบังคับให้ยอมรับความช่วยเหลือจากยิปซีในท้องถิ่น ทำให้ทีมมีเวลาสร้างสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นขึ้น ระหว่างนั้น จูเลียส คิงส์ลีย์ ที่ปรึกษาชาวอังกฤษและซูซาคุ คุรุรุกิ ผู้คุ้มกันของเขาเริ่มทำงานร่วมกับอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิลเพื่อปราบกองกำลังต่อต้านของยุโรปให้สิ้นซาก โดยใช้อาวุธขนาดยักษ์ที่เรียกว่ากองเรืออาร์คเป็นอาวุธทำลายล้าง

มาริ อิลลัสเทรียส-มากินามินำหุ่นรบเฉพาะกาลหมายเลข 05 ออกต่อสู้พิชิตเทวทูตตนที่สาม อาสุกะ แลงลีย์-ชิกินามิและอีวา-02 เอาชนะเทวทูตตนที่เจ็ดได้สำเร็จ เทวทูตตนที่แปดปรากฏตัวและถล่มสำนักงานใหญ่เนิร์ฟ อีวา-03 ถูกเทวทูตตนที่เก้ายึดไปขณะทำการทดสอบและชินจิก็เข้าหยุดยั้ง แต่ก็ได้รู้ว่าอาสุกะอยู่บนหุ่นรบตัวนั้น เก็นโดเปลี่ยนการควบคุมอีวา-01 เป็นระบบดัมมี่และเริ่มการต่อสู้กับอีวา-03

เมื่อโลกพังทลายลง มนุษยชาติไม่มีรูปร่างอีกต่อไปและดำรงอยู่ในสังคมเสมือนจริงที่เรียกว่า "DEVA" เมื่อแฮกเกอร์แทรกซึมเข้าไปในจักรวาลไซเบอร์ เจ้าหน้าที่ตำรวจแองเจลา บัลซัคจึงถูกส่งไปที่พื้นผิวเพื่อติดตามตัวเขา

สงครามระหว่างยูโรบริทันเนียและสหภาพยุโรปยังคงดำเนินต่อไป คำสั่งใหม่ถูกมอบให้กับหน่วย W-0 ให้ลงจอดในดินแดนของศัตรูเพื่อเบี่ยงเบนความสนใจ นักบินของหน่วย W-0 ประกอบด้วยผู้บังคับบัญชา เลอิล่า ชาวญี่ปุ่นคนเดียวที่รอดชีวิตจากการต่อสู้ครั้งสุดท้าย อากิโตะ และสามคนที่หลบหนีจากเกตโตทั้งสิบเอ็ดและอาศัยอยู่ในโลกใต้ดิน เรียว ยูกิยะ และอายาโนะ ทุกคนต่างคาดหวังในภารกิจของตน ปฏิบัติการจึงดำเนินต่อไป ในอีกด้านหนึ่งของยูโรบริทันเนีย ชิน ผู้ทำให้ผู้มีพระคุณของเขาฆ่าตัวตายด้วยพลังลึกลับของ "กีอัส" ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้นำของอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิล ขณะที่ชินค่อยๆ ก้าวหน้าเพื่อความทะเยอทะยานของตัวเอง เขาและผู้ใต้บังคับบัญชาในหน่วยอาชูระก็ได้รับคำสั่งให้ไปประจำการ คนหนึ่งอยู่เพื่อต่อสู้ และอีกคนต่อสู้เพื่อมีชีวิตอยู่

U.C. 0123 หลังจากผ่านยุคแห่งสันติภาพมาหนึ่งชั่วอายุคน สหพันธ์โลกได้เริ่มสร้างอาณานิคมในอวกาศแห่งใหม่เพื่อรองรับประชากรมนุษย์ที่เพิ่มขึ้น แต่กองกำลังใหม่ ครอสโบนแวนการ์ด ผู้มีฐานะดี วางแผนที่จะยึดครองอาณานิคมของฝั่งชายแดนที่เพิ่งสร้างขึ้นใหม่เป็นของตนเอง เมื่อบ้านของพวกเขาได้กลายเป็นสนามรบ พลเรือนหนุ่มสาวจำนวนหนึ่งต้องดิ้นรนเพื่อหนีจากความขัดแย้ง เพื่อช่วยชีวิตเพื่อนและครอบครัว นักรบที่ไม่เต็มใจอย่างซีบุ๊ค อาร์โน จึงกลายมาเป็นนักบินของกันดั้มรุ่นใหม่ที่ใช้ชื่อรหัสว่า F91

กองเรืออาร์คถูกทำลาย และกองกำลังของศัตรูจำนวนมากถูกกวาดล้างเนื่องจากการลงจอดฉุกเฉิน ในขณะที่กองกำลังที่เหลือของ Holy Order of Michael รวบรวมกำลังกันใหม่เพื่อเริ่มการโจมตีครั้งสุดท้ายที่ปราสาท Weiswolf หน่วย wZERO พร้อมด้วยพันธมิตรใหม่ Ashley Ashra เตรียมพร้อมที่จะสกัดกั้นพวกเขา ในขณะเดียวกัน เมื่อ Geass ของเขาหลุดจากการควบคุม Shin ก็เริ่มดำเนินการลบการมีอยู่ของน้องชายของเขาให้สิ้นซาก แต่ Akito ซึ่งสัญญากับ Leila ว่าเขาจะกลับมามีชีวิตอีกครั้ง ปฏิเสธที่จะยอมรับชะตากรรมดังกล่าว และทั้งสองก็ปะทะกันในการต่อสู้ครั้งสุดท้าย

ในขณะที่ W-0 ไม่อยู่ เลอิลาและลูกเรือที่เหลือในฐานพบว่าพวกเขาถูกล้อมรอบโดยอัศวินร้ายแห่งบริตตัน ชิน ฮิวงะซึ่งขับยานเวอร์ซิงเจทอริกซ์ เป็นผู้นำการโจมตีของศัตรู โดยชิงตำแหน่งแกรนด์มาสเตอร์ของอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิลมาครอง เมื่อสมาชิกหลักของเธอไม่พร้อม เลอิลาจึงต้องปกป้องเพื่อนร่วมทีมของเธอ แต่เรื่องนี้อาจจะยากกว่าที่เธอคิดมาก เพราะสายลับที่แอบซ่อนอยู่ท่ามกลางพวกเขาในที่สุดก็พร้อมที่จะเปิดเผยตัวตนแล้ว เมื่อไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากต้องยอมจำนน เลอิลาจึงนัดพบกับชินเพื่อให้แน่ใจว่าทีมของเธอจะปลอดภัย แต่เมื่อการเจรจาเริ่มล้มเหลว อากิโตะและพันธมิตรที่ไม่คาดคิดก็กลับมาในเวลาที่เหมาะสมเพื่อพลิกสถานการณ์