เรื่องราวของเดอะมูฟวี่นี้จะเป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นระหว่างตอนในอนิเมะะที่ 35 และ 36 เนื้อเรื่องจะอยู่ในช่วงปิดเทอม ซากุระซึ่งในครั้งนั้นเธอจับลูกบอลรางวัลได้รางวัลไปเที่ยวฮ่องกง และเมื่อไปถึงฮ่องกง พวกเธอก็ได้พบว่าการมาฮ่องกงครั้งนี้ไม่ได้เกิดจากความบังเอิญ ในตอนพิเศษนี้ ซากุระไม่ได้ต่อสู้กับโคลว์การ์ด หากแต่เป็นวิญญาณของหญิงสาวที่มีความเกี่ยวพันกับ โคลว์รีด ในอดีต
ซากูระ ทังเงะ
Sakura Kinomoto (voice)
อายะ ฮิซากาวะ
Kero (voice)
จุงโกะ อิวาโอะ
Tomoyo Daidouji (voice)
โมโตโกะ คุไม
Shaoran Li (voice)
โทโมกาซุ เซกิ
Touya Kinomoto (voice)
โอกาตะ เมกุมิ
Yukito Tsukishiro (voice)
ยูกานะ
Meilin Li (voice)
ทานากะ ฮิเดยูกิ
Fujitaka Kinomoto (voice)
เมงูมิ ฮายาชิบาระ
Madoushi (voice)
เรื่องราวของเดอะมูฟวี่นี้จะเป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นระหว่างตอนในอนิเมะะที่ 35 และ 36 เนื้อเรื่องจะอยู่ในช่วงปิดเทอม ซากุระซึ่งในครั้งนั้นเธอจับลูกบอลรางวัลได้รางวัลไปเที่ยวฮ่องกง และเมื่อไปถึงฮ่องกง พวกเธอก็ได้พบว่าการมาฮ่องกงครั้งนี้ไม่ได้เกิดจากความบังเอิญ ในตอนพิเศษนี้ ซากุระไม่ได้ต่อสู้กับโคลว์การ์ด หากแต่เป็นวิญญาณของหญิงสาวที่มีความเกี่ยวพันกับ โคลว์รีด ในอดีต
ชินโนสุเกะตัวน้อยได้ค้นพบอาณาจักรแห่งความฝันมหัศจรรย์ที่เต็มไปด้วยขนมหวานและสิ่งมหัศจรรย์ แต่แฟนตาซีนั้นกลับกลายเป็นฝันร้ายอันมืดมิดอย่างรวดเร็ว เมื่อเพื่อนและครอบครัวของเขาติดอยู่ในนั้น
เมื่อคณะละครสัตว์ชั่วร้ายปรากฏตัวหลังเกิดสุริยุปราคาเต็มดวง มาโมรุเริ่มป่วยเป็นโรคปริศนา แล้วหลังจากนั้นก็เกิดเรื่องร้ายไปทั่วเมือง
โฮตารุโตไวขึ้นมากขณะอยู่ในความดูแลของอัศวินเซเลอร์รอบนอก และแล้วก็ถึงเวลาที่อัศวินเซเลอร์ทุกคนจะกลับมารวมตัวกันอีกครั้ง
เป็นเรื่องราวต่อจากตอนจบของภาค "ภาคซากุระการ์ด" เนื้อเรื่องจะแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่าง ซากุระ กับ เชารัน หลังจากที่เชารันกลับฮ่องกงไป (ในตอบจบของภาคซากุระการ์ด ตอนที่ 70) เชารันได้บอกความรู้สึกของเขาที่มีต่อซากุระไปแล้ว แต่เธอยังไม่ให้คำตอบนั้นกับเขา เนื้อเรื่องในตอนพิเศษนี้อยู่ในช่วงเทศกาลนาเดชิโกะ เทศกาลประจำปีของเมืองโทโมเอดะ เชารันกลับมาญี่ปุ่นอีกครั้ง และเข้าร่วมการซ้อมละครเวทีกับซากุระ ระหว่างนี้ ซากุระเองก็พยายามที่จะให้คำตอบกับเชารัน แต่ระหว่างนั้นกลับมีโคลว์การ์ดใบที่ 53 ชื่อว่า The Nothing ออกมาสร้างปัญหาให้กับเมืองโทโมเอดะ ซากุระจึงต้องใช้เวทมนตร์อีกครั้ง
เด็กหนุ่มใจกล้าผู้ไร้เวทมนตร์พยายามคว้าตำแหน่งจักรพรรดิเวทมนตร์ ขณะที่อดีตจักรพรรดิเวทมนตร์ทั้งสี่ที่โดนเนรเทศ หวนกลับมาถล่มอาณาจักรโคลเวอร์
As the young girls have discovered the truth about the cruel fate of a magical girl, one magical girl after another is destroyed. Throughout it all, there is one magical girl who continues to fight alone - Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal is a retelling of the second half of the TV anime series.
Following Madoka's rewriting of the universe, sacrificing herself and her happy normal days to save all magical girls from the cruel fate that awaited them by wiping witches out of existence, the despair still manifest into creatures known as nightmares. Magical girl Homura Akemi continues to fight alone in the hope that she will be able to see Madoka smile again.
The wicked Badiyanu has come to capture all Earth's children to gain enough power to absorb the planet in her Black Dream Hole. The Black Dream Hole is in Badiyanu's castle and absorbs the dream energy from children. The more children Badiyanu kidnaps, the larger the dream hole gets. The Sailor Team must save Earth's children and prevent the Black Dream Hole from enveloping the entire planet!
สาวน้อยชื่อโซฟีมารับช่วงต่อกิจการร้านหมวกของพ่อผู้ล่วงลับในเมืองไร้ชีวิตชีวา แต่แล้วชีวิตแสนจำเจก็เปลี่ยนไปเมื่อเธอกลายร่างเป็นหญิงชรา
โคสุเกะกับนัตสึเมะ เพื่อนซี้ชั้นป. 6 เติบโตมาในอพาร์ตเมนต์เดียวกัน วันหนึ่งในช่วงหน้าร้อน ขณะที่กำลังเล่นกันอยู่ในอพาร์ตเมนต์ที่กำลังจะถูกทุบทิ้ง ทั้งคู่ต้องเจอกับเหตุการณ์ประหลาดเมื่อรอบๆ ตัวกลายเป็นทะเลอันกว้างใหญ่ไพศาล แล้วโคสุเกะกับคนอื่นๆ จะกลับมาในโลกเดิมได้ไหม การเดินทางอำลาหน้าร้อนกำลังจะเริ่มต้นขึ้นแล้ว