ミュウツーの誕生

ซาโตชิ และเพื่อนๆ เดินทางมาถึงเมืองรารูส ซึ่งเป็นเมืองสุดไฮเทคซึ่งเป้าหมายของพวกเขาคือ แบทเทิ้ลทาวเวอร์ สนามประลองโปเกมอน และที่นี่พวกเขาได้พบกับ ดร.รอนโด้ ผู้ทำการทดลองการคืนชีพของเดโอคิซิสซึ่งถูกเร็คคูซ่าฆ่าตายเมื่อหลายปีก่อน และวันนี้เร็คคูซ่าได้ปรากฏตัวขึ้นอีกครั้งในเมืองนี้ เพื่อตามล่าเดโอคิซิสที่กำลังจะคืนชีพอีกครั้ง การต่อสู้ระหว่างพวกมันจะดุเดือดเพียงใด และใครจะเป็นผู้ชนะ

ซาโตชิ ได้พบกับโปเกมอนมายา โวลเคเนียน ซึ่งตกลงมาจากฟากฟ้า และมีโซ่ซึ่งมีพลังลึกลับบางอย่างที่ทำให้ทั้งคู่แยกจากกันไม่ได้ โวลเคเนียนซึ่งมีความชิงชังมนุษย์ในมนุษย์มากนั้นพยายามทุกวิถีทางที่จะผละออกจากซาโตชิให้ได้ แต่เหมือนพลังลึกลับนี้ต้องการให้ซาโตชิและโวลเคเนียนร่วมมือกันในภารกิจบางอย่าง ในที่สุดทั้งคู่ก็มาถึงเมืองแห่งฟันเฟืองและเกียร์ “ราชอาณาจักรแอซซอธ” ที่ซึ่ง รมต.ขี้ฉ้อ “จาวิส”ได้ขโมยสุดยอดสิ่งประดิษฐ์ “โปเกมอนจักรกล มาเกียนา” ซึ่งถูกสร้างขึ้นตั้งแต่ 500 ปีก่อนมาเป็นของตน เขาวางแผนที่จะใช้พลังโบราณ “โซลฮาร์ท” ของมาเกียนาเพื่อยึดครองอาณาจักรจักรกล ซาโตชิและโวลเคเนียนจะช่วยมาเกียนาและขัดขวางแผนร้ายในครังนี้ได้หรือไม่? ศึกครั้งใหญ่ในประวัติศาสตร์โปเกมอนกำลังจะระเบิดขึ้นแล้ว

โคโค่เติบโตมาในพงไพรกับโปเกมอนรักสันโดษอย่างซารู้ด และได้สัมผัสโลกของมนุษย์หลังได้พบกับซาโตชิและพิคาชู ก่อนที่จะค้นพบแผนการร้ายซึ่งอาจนำภัยมาสู่บ้านของเขา!

ซาโตชิ พิคาชู และผองเพื่อนเดินทางมายังปราสทโอลแลนด์เพื่อร่วมงานรำลึกถึงอัศวินคลื่นพลังที่ปราสาทแห่งนี้ ที่นี่ทำให้ซาโตชิได้พบกับเรื่องราวของ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังที่หายตัวไปอย่างลึกลับ เหลือเพียงลูคาริโอ้ โปเกมอนคู่ใจที่ถูกสะกดไว้ในคฑาซึ่งซาโตชิได้ปลดปล่อยมันออกมาและเรื่องเลวร้ายก็เกิดขึ้นเมื่อปิ๊กะจูหายตัวไป ทำให้ซาโตชิและเพื่อนๆ ต้องออกตามหาจนรู้ว่าพิคาชูถูกมิว โปเกมอนขี้เล่นพามาที่ต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกที่ซึ่งมีอันตรายมากมาย ลูคาริโอ้จึงตามมาด้วยจนได้กับความลับของต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกและดอกไม้แห่งกาล ที่นำพาพวกเขามาพบกับความจริงเรื่องตำนานของมิว และ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังผู้เสียสละชีวิตตัวเองเพื่อปกป้องเมืองแห่งนี้

ขณะที่พวกซาโตชิกำลังพักทานอาหารพวกเขาก็ได้เจอกับเชมี่ โปเกมอนขอบคุณที่หลงทางมา แล้วทุกคนก็ได้รู้ว่าเชมี่หลงทางมาก็เพราะกีราติน่าพาข้ามมิติไปมาระหว่างโลกย้อนกลับและโลกความจริงที่โลกย้อนกลับ ซาโตชิและฮิคาริได้พบกับมูเกน ศาสตราจารย์ที่ทำการค้นคว้าอยู่ที่นั่นถึง 5 ปี และการผจญภัยครั้งนี้ก็นำพาให้พวกเขาได้พบกับซีโร่ ชายผู้ต้องการครอบครองโลกย้อนกลับไว้แต่เพียงผู้เดียว พวกซาโตชิ เชมี่ และมูเกนจึงช่วยกันรักษาโลกย้อนกลับเอาไว้

Cryptozookeepers try to capture a Baku, a dream-eating hybrid creature of legend, and start wondering if they should display these beasts or keep them hidden and unknown.

พวกซาโตชิเดินทางมาถึงเมืองอาราโมสเพื่อที่จะเข้าร่วมการแข่งขันโปเกมอนคอนเทสต์ แต่ที่พวกเขาพบไม่ใช่แค่การแข่งขันเท่านั้น พวกเขาได้พบกับเรื่องแปลกประหลาด มิติที่เกิดการเรื่อมซ้อนกันเพราะการต่อสู้ของพารเกียและเดียร์ก้า แต่ชาวเมืองพากันเข้าใจผิดว่าเป็นผีมือการกระทำของดาร์คไร โปเกมอนที่ได้ชื่อว่าเป็นฝันร้ายของชาวเมือง พวกซาโตชิ อลิสและโทนีโอ จึงร่วมมือกันช่วยเมืองนี้ ให้รอดพ้นจากความพินาศ

โนบิตะและชิซุกะถ่ายหนังแล้วไปพบกับมนุษย์ต่างดาวตัวจิ๋ว

อนิเมชั่นสั้นสามเรื่องเกี่ยวกับสองพี่น้องจากโลกใต้น้ำที่ต้องเอาชีวิตรอดตามลำพัง เด็กชายที่แพ้ไข่อย่างรุ่นแรง และชายที่ดูเหมือนจะไม่มีตัวตนในสายตาคนอื่นๆ

The Team Rocket leader, Giovanni, has found Mewtwo in a remote area of the Johto region. As Giovanni tries to re-capture Mewtwo, Ash and his friends are kidnapped by Domino, a new Team Rocket member, while trying to rescue Pikachu from Jessie and James. The Clone Pokemon are also captured and are then used as bait for Mewtwo. The situation then becomes a battle between the wills of Mewtwo and Giovanni; and Mewtwo also tries to discover if it and the clones have a purpose in life, even though they are products of science.