โรงเรียนมัธยมปลายคิโบกามิเนะ ที่มีแต่นักเรียนมัธยมปลายที่ชำนาญอย่างใดอย่างหนึ่ง แบบสุดๆ ที่จะได้เข้าเรียน แต่ทุกปีก็จะมีคนความสามารถกลางๆ ที่เข้าเรียนด้วยการจับฉลาก ตัวเอกของเรื่อง นาเอกิ มาโคโตะ เป็นผู้โชคดีที่ได้เข้าเรียนในสถานศึกษาแห่งนี้ วันหนึ่ง เขาถูกทำให้หมดสติและโดนจับไว้กับนักเรียนคนอื่น รวมตัวเองเป็น 15 คนที่ถูกขังในโรงเรียน โดยฝีมือของ Monokuma ตุ๊กตาหมีของเล่นซาดิสม์ เสียงกวนประสาท ซึ่งตั้งเงื่อนไขว่า การจะออกจากที่นี่ต้อง “สำเร็จการศึกษา” เท่านั้น โดยต้องก่อคดีที่ไม่สามารถจับได้ สำหรับคนที่ได้รับคะแนนโหวตสูงสุดและเป็นคนร้ายจริงจ ะถูกลงโทษ (ประหาร) ด้วยวิธีการที่แปลกประหลาด แต่ถ้าตัดสินผิด ทุกคนต้องถูกลงโทษ เหลือเพียงแค่ผู้ที่ก่อคดีเท่านั้นที่หนีออกจากที่นี ่ได้ ถึงแต่ละคนจะไม่ยอมทำตามโมโนคุมะ แต่เมื่อเวลาผ่านไปและหาทางหนีจากโรงเรียนแห่งนี้ไม่ ได้ อีกทั้งไม่รู้ว่าตัวเองจะถูกฆ่าตอนไหน การเริ่มฆ่าเพื่อเอาตัวรอดจึงเริ่มขึ้น...
