มุโต้ ยูกิ เด็กหนุ่มมัธยมปลายที่ชอบเล่นเกมทุกชนิด และมีนิสัยที่ขี้อายจึงมักจะถูกแกล้งอยู่เป็นประจำ วันหนึ่งยูกิได้ไขปริศนาอียิปต์โบราณที่รู้จักกันในชื่อตัวต่อพันปีได้สำเร็จทำให้ร่างกายถูกสิงโดนวิญญาณลึกลับที่มีนิสัยชอบเผชิญหน้ากับความท้าทายและการพนันไม่ว่าจะเป็น การ์ด, ลูกเต๋า, หรือเกมกระดานสวมบทบาท นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเมือใดที่ยูกิหรือเพื่อนพ้องถูกคุกคามโดยผู้ที่มีความมืดอยู่ในจิตใจยูกิอีกคน (ยูกิด้านมืด) จะปรากฏตัวออกมาและจะท้าดวลด้วยเกมแห่งความมืด ผู้ที่แพ้การดวลจะถูกลงโทษอย่างแรงที่สุดด้วยเกมลงทัณฑ์ ซึ่งจะเปิดเผยแก่นแท้ในจิตใจของผู้คน ในเวลาผ่านไปในเรื่องยูกิและเพื่อนพ้องได้รู้ว่าวิญญาณที่สิงในตัวต่อพันปีคือวิญญาณฟาโรห์ไร้นามจากยุคอียิปต์โบราณที่สูญเสียความทรงจำ ในขณะที่ยูกิและเพื่อนพ้องได้พยายามช่วยฟาโรห์นำความทรงจำที่หายไปกลับคืนมา ได้รู้ว่าจะต้องผ่านบททดสอบที่ต้องเดิมพันด้วยชีวิต พวกเขาจะต้องเผชิญหน้ากับผู้ที่มีไอเทมพันปี และพลังของเกมแห่งความมืด
